Ph.D Comics

Síðustu ummæli

Þórey (Framtíðarsýn í bo…): ”...og hugsaðu þér hvað það væri nú gaman, ef við b…
ester (gæsir,íkornar,kan…): Já, til dæmis
Ragnar (gæsir,íkornar,kan…): Þú meinar að ef ég uppgötva að ég sökka sem vísinda…
ester (gæsir,íkornar,kan…): FLott, þá geturðu veitt þér til matar ef illa fer.
Ragnar (Greinar): Ég hef oft velt því fyrir mér að fara þessa leið Óm…
Ómar (Greinar): Já, ef þessum niðurstöðum þínum er svo hafnað er þa…
Mamma (málstofa á morgun…): Hvernig er þetta með þig ertu bara hættur að blogga…
Salóme (sestur á skólabek…): Shit….ég þarf greinilega að passa mig betur í framt…
Ragnar (sestur á skólabek…): Þetta er vandamál sem hefur ágerst.
Ester (sestur á skólabek…): Ég held að Salóme sé að reyna við þig.

Hvarf - félag efna- og lífefnafræðinema
Efnafræðistofa
Efnafræðiskor
Vísindavefurinn

Vefir

Fljúgandi spagettískrímslið - Paródía um Intelligent Design-ruglið sem er að tröllríða Bandaríkjunum
Vantrú - Íslenskt félag sem berst gegn boðun hindurvitna
TalkOrigins - Vefur um sköpunar/þróunardeiluna
James Randi - James Randi veitir 1 milljón dollara til þess sem sýnir fram á yfirnáttúrulega hæfileika
Maclantic - Íslenskur fréttavefur um Macintosh
Wikipedia - Fer að verða einn mikilvægasti vefur netsins
PhysOrg - Vísindafréttir
SlashDot - News for nerds - stuff that matter
Macs in Chemistry
MacResearch
Apple - Science

Hitt & þetta

Hvers vegna Widescreen ?

Fyndið

Ritun vísindagreinar
Rules of the lab
Science jokes
Orðalag vísindagreina
Lotukerfið & teiknimyndasögur
Lotukerfið & Tom Lehrer
The 30-Second Bunnies Theatre

Leita

Gamlar færslur

01. júlí - 31 júlí 2006
01. ágú - 31 ágú 2006
01. sep - 30 sep 2006
01. okt - 31 okt 2006
01. nóv - 30 nóv 2006
01. des - 31 des 2006
01. jan - 31 jan 2007
01. feb - 28 feb 2007
01. mar - 31 mar 2007
01. apr - 30 apr 2007
01. maí - 31 maí 2007
01. júlí - 31 júlí 2007
01. ágú - 31 ágú 2007
01. okt - 31 okt 2007
01. nóv - 30 nóv 2007
01. des - 31 des 2007
01. jan - 31 jan 2008
01. feb - 28 feb 2008
01. mar - 31 mar 2008
01. apr - 30 apr 2008
01. maí - 31 maí 2008
01. júní - 30 júní 2008
01. júlí - 31 júlí 2008
01. nóv - 30 nóv 2008
01. des - 31 des 2008
01. jan - 31 jan 2009
01. feb - 28 feb 2009
01. mar - 31 mar 2009
01. apr - 30 apr 2009

Um mig

Ragnar Björnsson er doktorsnemi í kennilegri ólífrænni lífefnafræði við St Andrews háskóla í Skotlandi. Hann útskrifaðist með B.Sc. gráðu í lífefnafræði vorið 2006 og M.Sc. gráðu í ólífrænni efnafræði haustið 2008 frá Háskóla Íslands.

Efnafræðiblogg & fréttasíður

Everyday Scientist
The Chem Blog
Carbon-based Curiosities
Chemistry World
Chembark
Molecule of the day
Khymos - molecular gastronomy
Culture of Chemistry
She blinded me with science
In the Pipeline
Tenderblog

Efnafræði

Tæki & tól efnasmiðsins
Lífrænir leysar - tafla
NMR-hliðrunargildi leysa
Mólmassareiknivél
Isotope pattern reiknivél
Einingabreytar
Þrýstingseiningabreytir
Orkueiningabreytir
Spektroskópíutól
Eðlisefnafræðihandbók
Lotukerfið
A-gildi
Rafneikvæðnigildi
Nomograph
Fastar efnafræðinnar
SI-einingakerfið
pKa töflur
Efnafræðiskammstafanir
Gagnagrunnar
Efnaleit - Chemfinder
Efnaleit - NIST
Efnaleit - Emolecules
Efnaleit - SDBS
Kristalbyggingar
Punktgrúppur
Merck Chemical Databases
PSIgate
ISI Web of Science
Hvar.is
WebReactions
Synthetic Pages
NIST Atom. Spec. Database

Fræðslusíður - efnafræði

Inngangur að NMR
The Basics of NMR
NMR gátur I
NMR gátur II
NMR orðabók
Organomet. HyperTextBook
2. lögmál varmafræðinnar
Hyperphysics
Allt um labbið
Glervara og glerblástur
Organic Chemistry Info
Kristallaræktun
Þurrkun leysa
Spectroscopy Now

Frumvarp um stofnfrumurannsóknir

Mbl.is: Stjórnvöld vilja heimila að nota stofnfrumur til rannsókna

Gott að heyra að Íslendingar séu með á nótunum í þessum málum ólíkt Bandaríkjastjórn. Mér skilst skv. líffræðingum sem ég þekki að löggjöf um stofnfrumurannsóknir hafi verið afskaplega gamaldags og úrelt þannig að þetta eru góðar fréttir.

Mér fannst hins vegar alveg magnað þegar ég las þetta:
"Frumvarpið er samið af nefnd sem skipuð var af heilbrigðis- og tryggingamálaráðherra árið 2005 til að fjalla um nýtingu stofnfruma til rannsókna og lækninga og semja drög að frumvarpi til laga um stofnfrumurannsóknir. Sveinn Magnússon, skrifstofustjóri í heilbrigðis- og tryggingamálaráðuneytinu var skipaður formaður nefndarinnar en aðrir nefndarmenn voru: Sigurður Guðmundsson, landlæknir, Magnús Karl Magnússon, læknir, Björn Guðbjörnsson, læknir, Þórarinn Guðjónsson, frumulíffræðingur, Ingileif Jónsdóttir, ónæmisfræðingur, Vilhjálmur Árnason, prófessor, Sólveig Anna Bóasdóttir, guðfræðingur og Jóhann Hjartarson, lögfræðingur. Starfsmaður nefndarinnar var Ágúst Geir Ágústsson, lögfræðingur. "

Hvað hefur guðfræðingur til málanna að leggja í þessu máli ? Hví ætti að blanda yfirnáttúru inn í málið ? Og fyrst verið er að fá álit hjá trúarhópum (sem mér finnst vitleysa) hvar eru fulltrúar hinna trúarhópanna ?

Dansandi stelpa

Er stelpan hér til hægri að snúast réttsælis eða rangsælis ?
Þessi mynd gengur nú sem eldur um sinu um intervefinn og það er dálítið gaman að henni.

Þegar ég sá myndina fyrst snerist hún réttsælis eingöngu, þegar ég las að einhverjir sáu hana snúast rangsælis fór ég að horfa betur og allt í einu byrjaði hún að snúast rangsælis. Eftir smá þjálfun sá ég að gat látið stelpuna breyta um átt eftir því sem ég vildi, ef ég: horfði á myndina frá hlið, hugsaði um eitthvað annað, las texta við hliðina á myndinni o.s.frv.

Það er hins vegar ekki rétt það sem sagt er á mörgum stöðum að þetta hafi eitthvað með hægra og vinstra heila hvelið að gera; þ.e. ef hún snýst fyrst og fremst réttsælis þá notarðu hægra heila hvelið mest. Þetta snýst um að heili okkar er vanur því að horfa á þrívíðar myndir en þessi hreyfimynd er samansett af nokkrum mismunandi tvívíðum myndum og heilinn reynir sem best hann getur að fylla inn í eyðurnar þar sem hann þekkir að þetta er mynd af konu en konur eru venjulega eru í þrívídd.

Það er ágæt umfjöllun um þessa hreyfimynd frá taugavísindamanni hér: Neurologica

Frábær fylgni



Sér einhver eitthvað athugavert við ofanvert graf ? Mikið af punktum og svo lína í gegnum punktana. Línan á að vera svokölluð "besta lína" í gegnum punktana til að sýna fram á línulegt samband gagnanna. Fylgnin er reiknuð sem -0.008 +/- 0.13 . (Fylgni upp á 1 væri fullkomin fylgni; takið svo eftir skekkjumörkunum)

Þetta graf er ekki grín heldur raunveruleg mynd úr þessari vísindagrein: Cournot, M. et al.Relation between body mass index and cognitive function in healthy middle-aged men and women. Neurology 2006, 67, 1208–1214.
Með grafinu eru þeir að sýna fram á öfuga fylgni milli cognitive function (sem í grófum dráttum er mælikvarði á greind) og BMI (Body Mass Index) stuðulsins.
=> feitt fólk er heimskt.

Hérna er tilvitnun í greinina og lýsing á gögnunum og myndinni:
"This cross-sectional association between BMI at baseline and cognitive scores persisted after adjustment for age, sex, educational level, physical activity, and region of residence and had a linear shape (figure)."

Stundum spyr maður sig hvor "peer-review"-kerfið sé alltaf að standa sig sem skyldi...

Gróf þýðing á bloggfærslu frá EverydayScientist

Og Nóbelsverðlaunin hlýtur

...Gerhard Ertl...

Og hver er nú það ?
Gerhard Ertl er einn af stóru köllunum í yfirborðsefnafræði en hann hefur rannsakað mekanisma bakvið efnahvörf á málmyfirborðum svo sem myndun ammóníaks á járnyfirborði, oxun kolmónoxíði á platínu.
Þá hafa rannsóknir hans getað útskýrt hvers vegna ósónlagið er að þynnast.

Spá mín var ekki rétt en ég giskaði þó að þetta yrði kannski eðlisefnafræðilegra í ár en fyrri ár.

Nóbelsverðlaunin í efnafræði 2007

Á morgun kemur í ljós hver hlýtur Nóbelsverðlaunin í efnafræði í ár.
Í fyrra fékk líffræðingur þau fyrir lífefnafræði/líffræði. Sumir efnafræðingar voru ósáttir.

Í ár er efnafræðinefnd Nóbelsverðlaunanna að mestu skipuð eðlisefnafræðingum og biophysics-mönnum þannig að það er spurning hvort verðlaunin verða meira eðlisefnafræðileg í ár.
Líklegt þykir einnig svo sem að það verði e.k. málmlífræn hvötun í lífrænum efnasmíðum.

Ég ætla sjálfur að skjóta á Martin Karplus. Hann er kennilegur efnafræðingur sem hefur haft mikil áhrif á NMR, hraðafræði, skammtafræði og hraðafræði í stórum lífsameindum. Miðað við að dómnefndin samanstendur af kennilegum efnafræðingum, eðlisefnafræðingum og biophysics fólki að mestu og ef við tökum tillit til hvað NMR fer að verða ráðandi þáttur í greiningu á stórum lífsameindum þá finnst mér þetta jafnvel nokkuð líklegt.

Ég þekki framlag hans best á formi Karplus jöfnunnar sem ég nota sjálfur í rannsóknum mínum og er ofurtöff jafna.

Svona líður mér stundum...

TA: What went on in this lab?
Student: What do you mean?
TA: What did you do in this lab?
Student: Lab 3.
TA: And what did you do in lab 3?
Student: We measured the result.
TA: Assume I’ve never seen this lab before, and you’re going to explain it to me. What would you say?
Student: (pause) Well, it was all about getting the slope.
TA: The slope of what?
Student: The slope of the plot.
TA: I know that, but you have to assume I’ve never heard of this lab, ok? How would you explain what you did?
Student: We got the wires and measured at each point.
TA: Measured what?
Student: What the meter said.
TA: (pause) Look. Your report tells me nothing; this could be an experiment about baking cakes. What’s this number here?
Student: 5.
TA: Yes I KNOW it’s 5. What did it measure?
Student: The slope. Of the line.
TA: What line?
Student: The line. On the plot. We measured the points and plotted them.
TA: Why?
Student: (knowing smile) Because that’s what the lab said.
TA: If I was a total stranger, how would you explain this to me?
Student: You just connect it up–
TA: Connect WHAT up?
Student: The circuit.
TA: Why?
Student: I’m sorry, I don’t know what you’re asking.
TA: I’m asking: what is this lab all about?
Student: Well, we put in the wires and got 5.
TA: 5 what?
Student: The slope.
TA: WHAT was it’s slope?
Student: 5.
TA: I KNOW that, but what was it a measurement of?
Student: The meter.
TA: (sigh) One more time — consider me a total stranger. How would you explain this to me?
Student: You just put on the wires and vary the dial until you get the readings.
TA: What dial?
Student: On the power supply.
TA: Why was there a power supply?
Student: Well, for the circuit.
TA: And what readings are you talking about?
Student: The readings in the plot.
TA: They gave you a plot in the lab manual?
Student: I’m sorry, I don’t know what you’re asking.
TA: Where did the plot come from?
Student: We drew it.
TA: From what?
Student: From the experiment.
TA: The experiment about what?
Student: About lab 3.
TA:….

Kukl og kastljós

Það var frábært að sjá í Kastljósi síðastliðinn mánudag, Pétur Tyrfingsson, formann Sálfræðingafélag Íslands, koma þar fram og tala beint út gegn kukli á við höfuðbeina- og spjaldhryggjarjöfnun gegn einhverfu og guðmávitahvað.
Það er sjaldan að maður sjái vísindafólk og lækna tala svona hreint og hispurslaust um málefni sem þeim er viðkomandi og vona að þetta eigi eftir að halda áfram.
Það er alveg ótrúlegt hvað þetta er orðið algengt í þjóðfélaginu að trúa svona allskonar nýaldarvitleysu hvort sem það heitir höfuðbeina- og spjaldhryggjarjöfnun, hómeopatía, birkiaska, eyrnakerti og ég veit ekki hvað. Maður spyr sig stundum hvort þetta séu ekki frekar raunveruleg trúarbrögð Íslendinga, fólk virðist alla vega stunda þetta og trúa þessu meira en það mætir í kirkju nokkurn tímann.

Mæli með upptökunni sem finna má netinu hér: Kastljós 1. okt
Mæli einnig með blogginu hans Péturs. Sjá hér