Ph.D Comics

Síðustu ummæli

Ragnar (Æsingurinn yfir a…): Bite me.
Halldóra (Æsingurinn yfir a…): When you drink a diet soda, your body breaks down t…
Oskar (Erfðabreytt áfram…): HaHa Framsóknamenn og bygg. I like it
Ragnar (Um erfðabreytt by…): Þetta fór fyrir sérstaka valnefnd og fyrir rektor. …
ester (Um erfðabreytt by…): Hvernig var hún valin? Var kosning eða?
Magnús Már Guðnas… (Um erfðabreytt by…): Hvernig má það vera að hún sé forseti verkfræði- og…
Bergmann (Fólkið á skrifsto…): Við notum venjulega eV hér. kcal er amk. betra en h…
Ragnar (Fólkið á skrifsto…): kcal/mol er merkilega vinsæl orkueining í tölvu- og…
Bergmann (Fólkið á skrifsto…): Reiknið þið allt í kcal/mol? Hvað er það mikið í eV…
Ragnar (Fólkið á skrifsto…): Hehe. Ég kem heim í sumar já. Ég er að hugsa um by…

Hvarf - félag efna- og lífefnafræðinema
Efnafræðistofa
Efnafræðiskor
Vísindavefurinn

Vefir

Fljúgandi spagettískrímslið - Paródía um Intelligent Design-ruglið sem er að tröllríða Bandaríkjunum
Vantrú - Íslenskt félag sem berst gegn boðun hindurvitna
TalkOrigins - Vefur um sköpunar/þróunardeiluna
James Randi - James Randi veitir 1 milljón dollara til þess sem sýnir fram á yfirnáttúrulega hæfileika
Maclantic - Íslenskur fréttavefur um Macintosh
Wikipedia - Fer að verða einn mikilvægasti vefur netsins
PhysOrg - Vísindafréttir
SlashDot - News for nerds - stuff that matter
Macs in Chemistry
MacResearch
Apple - Science

Hitt & þetta

Hvers vegna Widescreen ?

Fyndið

Ritun vísindagreinar
Rules of the lab
Science jokes
Orðalag vísindagreina
Lotukerfið & teiknimyndasögur
Lotukerfið & Tom Lehrer
The 30-Second Bunnies Theatre

Leita

Gamlar færslur

01. júlí - 31 júlí 2006
01. ágú - 31 ágú 2006
01. sep - 30 sep 2006
01. okt - 31 okt 2006
01. nóv - 30 nóv 2006
01. des - 31 des 2006
01. jan - 31 jan 2007
01. feb - 28 feb 2007
01. mar - 31 mar 2007
01. apr - 30 apr 2007
01. maí - 31 maí 2007
01. júlí - 31 júlí 2007
01. ágú - 31 ágú 2007
01. okt - 31 okt 2007
01. nóv - 30 nóv 2007
01. des - 31 des 2007
01. jan - 31 jan 2008
01. feb - 28 feb 2008
01. mar - 31 mar 2008
01. apr - 30 apr 2008
01. maí - 31 maí 2008
01. júní - 30 júní 2008
01. júlí - 31 júlí 2008
01. nóv - 30 nóv 2008
01. des - 31 des 2008
01. jan - 31 jan 2009
01. feb - 28 feb 2009
01. mar - 31 mar 2009
01. apr - 30 apr 2009
01. maí - 31 maí 2009
01. júní - 30 júní 2009

Um mig

Ragnar Björnsson er doktorsnemi í kennilegri ólífrænni lífefnafræði við St Andrews háskóla í Skotlandi. Hann útskrifaðist með B.Sc. gráðu í lífefnafræði vorið 2006 og M.Sc. gráðu í ólífrænni efnafræði haustið 2008 frá Háskóla Íslands.

Efnafræðiblogg & fréttasíður

Everyday Scientist
The Chem Blog
Carbon-based Curiosities
Chemistry World
Chembark
Molecule of the day
Khymos - molecular gastronomy
Culture of Chemistry
She blinded me with science
In the Pipeline
Tenderblog

Efnafræði

Tæki & tól efnasmiðsins
Lífrænir leysar - tafla
NMR-hliðrunargildi leysa
Mólmassareiknivél
Isotope pattern reiknivél
Einingabreytar
Þrýstingseiningabreytir
Orkueiningabreytir
Spektroskópíutól
Eðlisefnafræðihandbók
Lotukerfið
A-gildi
Rafneikvæðnigildi
Nomograph
Fastar efnafræðinnar
SI-einingakerfið
pKa töflur
Efnafræðiskammstafanir
Gagnagrunnar
Efnaleit - Chemfinder
Efnaleit - NIST
Efnaleit - Emolecules
Efnaleit - SDBS
Kristalbyggingar
Punktgrúppur
Merck Chemical Databases
PSIgate
ISI Web of Science
Hvar.is
WebReactions
Synthetic Pages
NIST Atom. Spec. Database

Fræðslusíður - efnafræði

Inngangur að NMR
The Basics of NMR
NMR gátur I
NMR gátur II
NMR orðabók
Organomet. HyperTextBook
2. lögmál varmafræðinnar
Hyperphysics
Allt um labbið
Glervara og glerblástur
Organic Chemistry Info
Kristallaræktun
Þurrkun leysa
Spectroscopy Now

Erfðabreytt áfram

Mjög áhugavert viðtal við Kára Stefánsson um ræktun erfðabreyttra tegunda.

Kári Stefánsson-Ræktun erfðabreyttra tegunda

Um erfðabreytt bygg og lélega vísindamenn

Mbl.is. Þrýstingur á Umhverfisstofnun vegna erfðabreytts byggs

Andstæðingar erfðabreyttra lífvera og matvæla eru furðulegt fyrirbæri. Andstaðan virðast fyrst og fremst byggjast á einhvers konar trúarbrögðum og lélegur rökstuðningur minnir helst á kukl.
Rekin er vel upp sett vefsíða full af hræðsluáróðri og vefsíðan er styrkt af ýmsum aðilum, frá heilsubúðum, grænmetisræktendum, kuklfélögum til samtaka eins og Neytendasamtakanna og Landverndar, sem maður hefði haldið að myndu aðhyllast aðeins meiri prófessjónalisma.

Fyrirtækið Orf Líftækni sótti nýlega um leyfi til útiræktunar á erfðabreyttu byggi, ekki ætlað til matvæla heldur sértækri próteinframleiðslu.

Nú er Kristín Vala Ragnarsdóttir, nýr forseti verkfræði- og náttúruvísindasviðs Háskólan Íslands, komin inn í umræðuna, en hún skrifaði opið bréf til umhverfisráðherra þar sem hún lýsti andstöðu við verkefnið ólíkt meirihluta ráðgjafanefndarinnar. Sjá hér
Það er ótrúlegt að lesa rangfærslurnar og hræðsluáróður bréfsins, svo maður tali nú ekki um hvað það er ótrúlegt að misnota aðstöðu sína á þennan hátt til að skapa hræðslu í samfélaginu með því að birta opið bréf á þennan hátt.

Erfðafræðiprófessorar og læknar Háskóla Íslands hafa nú svarað Kristínu:
Opið bréf tveggja prófessora og dósents við HÍ vegna bréfs Kristínar Völu
Bréf Sigurðar Guðmundssonar, forseta heilbrigðisvísindasviðs HÍ, til UST og umhverfisráðherra

Fyrri bréfið sýnir óumdeilanlega að Kristín Vala er að tala sem amatör og að lýsa sinni persónulegu skoðun og að hún væri svo sannarlega ekki að tala fyrir hönd háskólasamfélagsins.

Þess skal reyndar geta að þótt Kristín Vala sé eflaust prýðis jarðefnafræðingur og akademíker þá aðhyllist hún margar aðrar undarlegar, illa rökstuddar hugmyndir. Hún hefur mikinn áhuga heilsu og næringarfræði og hefur haldið fyrirlestra á vegum Krabbameinsfélagsins Framfarar og Manns lifandi.
En sjá má einn fyrirlestur hennar hér: Matarædi til varnar blödruhálskirtils- og brjóstakrabbameins

Sá Powerpoint fyrirlestur inniheldur svo margar rangfærslur að maður trúi því ekki að þarna sé háskólaprófessor að skrifa.
Kemur inn á hættuna á bak við aspartam og MSG (sem enginn fótur er fyrir) og mælir með sýru-basa jafnvægiskúrnum sem er nú með því vitlausara.
Hún segir að maður eigi ekki að borða neitt hvítt (??), ekki tilbúinn eða niðursoðinn mat né bragðaukaefni, alls ekki mjólk, ost, rjóma, jógúrt, skyr, súrmjólk og helst allt saman lífrænt.

Sleggjudómarnir um lækna á glæru 29 eru svo alveg ótrúlegir.

Þá gæti andstæða hennar við erfðabreytt bygg byggst á því að hún telur að inntaka IGF-1 vaxtarhormónsins (sem ræktað verður í bygginu) valdi krabbameini hér á Vesturlöndum þar sem við drekkum mikla kúamjólk (sem getur innihaldið hormón). Eitthvað mætti hún lesa sig meira til um efnafræði og kynna sér fyrirbærið meltingarkerfi líkamans. Próteinhormón eru nefnilega markvisst brotin niður í meltingarveginum í amínósýrur, hormónin berast ekki inn í blóðið.

Fólkið á skrifstofunni minni

Kínverjinn á skrifstofunni minni er dálítið sérstakur gaur. Hann talar ekki góða ensku né skiljanlega og er almennt séð frekar ófélagslyndur.
Hefur mikla nauðsyn til að hringja mörg símtöl á dag.

Hann er ári á undan mér í PhD náminu en ég botna ekki alveg í því hvað hann er að afreka. Það liggja um það bil 5 greinar á skrifborðinu hans, samanborið við um 500 greinar á mínu skrifborði. Þegar ég labba fram hjá borðinu hans sé ég líka ýmsa minnismiða um ýmis atriði. Það er svo sem ekkert að því að hafa minnismiða en það er pínu undarlegt þegar maður er í PhD verkefni sem snýst um DFT og orkuútreikninga að vera með minnismiða sem minnir mann á hvað skammstöfunin DFT er, og hvað orkueiningin 1 kcal/mol er mikið.
Hann var með poster á ráðstefnunni fyrir nokkrum vikum en sá poster virðist að einhverju leyti vera búinn til af leiðbeinandanum hans því bæði kunni hann illa að útskýra hvað hann væri að gera og ég kom einu sinni að honum og leiðbeinandanum hans þar sem leiðbeinandinn var að útskýra hvað ýmsar grundvallarskammstafanir og hugtök á posternum þýddu.
Frekar undarlegt.

Samanburður

Vil vekja athygli á því að hægt er að lesa og bera saman tvær ræður sem fluttar voru við setningu Alþingis.
Önnur var flutt í Dómkirkjunni fyrir alþingismenn sem greinilega finnst fullkomlega eðlilegt að samskipti löggjafarvaldsins við hindurvitnaklúbb sé með þessum hætti. Sjá hér

Hin ræðan var flutt á hótel Borg á vegum Siðmenntar.Sjá hér

Önnur ræðan er innihaldslaus froða, hin ræðan er töluvert innihaldsríkari hugvekja.

Að lokinni ráðstefnu

Þetta var bara hin fínasta ráðstefna. Fyrri dagurinn voru 3 stórir fyrirlestrar eftir þekkta alþjóðlega efnafræðinga. Þar á meðal var Pavel Hobza með mjög skemmtilegt erindi, en ég hef lesið mikið af greinum eftir hann. Hann sýndi sérlega áhugavert myndband sem sýndi molecular dynamics hermun á DNA streng með og án tillits til van der Waals krafta. Þegar ekki er tillit til vdW krafta liðast DNA-strengurinn í sundur, mér sýnist lífefnafræðingar þurfi að fara endurskrifa DNA-kaflann í bókum sínum. Jens Norskov var líka með fínan fyrirlestur sem ég hafði reyndar heyrt að hluta til áður en hann hefur nokkrum sinnum komið til Íslands.

Mitt eigið 4 mínútna erindi gekk ágætlega, var pínu stressaður en ég hef aldrei ávarpað jafn stóran sal af vísindamönnum áður. Átti svo ágætis spjall við nokkra menn um viðfangsefni veggspjaldsins míns. Ein skemmtilega ráðstefna sem ég hef farið á, enda umfjöllunarefnið tengt því sem maður er að gera. Hitti nokkra Skota frá Edinborg sem ég hafði áður hitt og drukkið með á ráðstefnu í Þýskalandi fyrir 2 árum.

St Andrews grúppan fór svo út að borða um kvöldið og enduðum svo á whisky-drykkju en bæði leiðbeinandi og meðleiðbeinendur mínir ásamt Frakkanum eru whisky-áhugamenn.

Heriot-Watt háskólinn í Edinborg (eða talsvert fyrir utan reyndar) er svo með ótrúlega skemmtilega háskóla campus, ekki allir háskólar sem eru með friðsæla skógartjörn á miðjum campus.

Poster og fyrirlestur

Tölvuefnafræðiráðstefna á vegum efnafræðideilda háskóla í Skotlandi verður í Edinborg eftir rúmlega viku. Ég var beðinn um að vera með poster til að kynna það sem ég hef verið að dunda mér við upp á síðkastið, sem er hæfni DFT aðferða til reikna fjórpólskúplunarfasta málmkomplexa, sem er hægara sagt en gert eins og þið getið ímyndað ykkur.
Fyrir um viku spurði prófessorinn minn hvort ég vildi ekki halda smá fyrirlestur um þetta einnig, ég var nú ekki alveg viss um það en var þá ekki einu sinni byrjaður á posternum og ekki viss um hversu heildstæð mynd væri kominn af verkefninu. Hann sagði að ég mætti hugsa málið.
Nú er posterinn tilbúinn, búið að lesa yfir nokkrum sinnum og fer nú í prentun. Núna rétt áðan sagði prófessorinn svo hvað ég ætti að láta koma fram á fyrirlestrinum...
Sniðugur prófessorinn minn, þóttist gefa mér val, en ákvað þetta svo bara sjálfur.
Ojæja, það var svo sem engin góð ástæða til að segja nei.

Reyndar er þetta ekki venjulegur fyrirlestur (20-30 mín) heldur eitthvað sem heitir flash presentation, þar sem þeir sem eru með poster hafa nokkrar mínútur og nokkrar glærur til þess að segja frá því merkilega sem kemur fram á posternum, en þó fyrir alla ráðstefnugesti.

Kanínutalning

Á hverjum degi á leiðinni heim tel ég kanínurnar á leiðinni. Nú um daginn var nýtt met en þá taldi ég 13 kanínur. Á leiðinni heim í dag var aftur nýtt met en þá taldi ég 19 kanínur. Þær virðast bara búa þarna í háskólagarðinum sem ég labba í gegnum.
Sumar gætu hafa bættst við seinustu daga, þær eru á stærð við hamstra.

Spurning hvort ég veiði mér í góða súpu fljótlega.

Gengi VG

Ég hefði átt að setja þetta á síðuna áður en ég var búinn að spá því fyrir 2 dögum að yfirlýsing Kolbrúnar myndi kosta VG 5 %.
Ég held það sé bara að reynast rétt.

Kosningablogg

Ég er pólitískur um það bil fjórða hvert ár, svipað oft og ég er fótboltaáhugamaður þegar heimsmeistarakeppni er.

Mér finnst dálítið magnað að heyra allar greiningar stjórnmálafræðinga og fréttamanna um það hvort Samfylking og VG geti náð saman eða ekki um Evrópumál en nú síðast í kvöld var málflutningur Steingríms á þann veg að stjórnmálfræðispekúlantanir að loknum leiðtogaumræðum, furðuðu sig á því hvernig flokkarnir gætu náð saman um þessi mál.
Ég er ekki með próf í stjórnmálafræði en ekki nokkuð ljóst að Steingrímur var í kvöld sérstaklega að sýna harðari hlið á móti ESB til að veikja ekki samningsstöðu VG í viðræðum stjórnarflokkanna að loknum kosningum. Sérstaklega eftir að aðrir eins og Ögmundur og Katrín höfðu ef til vill veikt stöðuna pínu með að draga í land og segja að 1 þjóðaratkvæðagreiðsla kæmi kannski til greina. Þetta er einn stór leikur, ef VG gæfi færi á því að flokkurinn gæti sæst á þjóðaratkvæðagreiðslu að loknum aðildarviðræðum í stað tveggja þjóðaratkvæðagreiðslna eins og áður hefur verið talað um veikist samningsstaðan umtalsvert.

Annars er ég hlynntur aðildarviðræðum við ESB. Aðallega af því að ég nenni ekki að hlusta á ESB umræður í 10 ár í viðbót.

O Kolbrún...

O Kolbrún... það er ástæða fyrir því að þú tapaðir prófkjörinu illilega og að þú átt eftir að fá margar útstrikanir í kosningum.
Að vera á móti olíuleit er með því heimskulegra og frekar skemmandi ummæli fyrir flokkinn þinn. Það er enginn annar orkugjafi né orkumiðill beint í augsýn til þess að setja á bílana, skipin og flugvélarnar okkar. Þótt olía jarðarinnar sé á þrotum og mikilvægt að finna eitthvað sem kemur í staðinn (sólarorka ->vetni til dæmis) þá eru 30-50 ár í að slíkt verði að veruleika.

Framtíðarsýn í boði Hannesar frá september 2007

gæsir,íkornar,kanínur

Ég hef stundað nám við þrjá háskóla.
Á campus Háskóla Íslands labba gæsir um svæðið og skíta út um allt.
Á campus Háskólans í Ottawa, Kanada, klifra svartir íkornar í trjánum.
Á campus St Andrews háskóla skoppa kanínur um svæðið.

Á leiðinni heim í dag sá ég metfjölda kanína, 8 stykki hvorki meira né minna, bítandi grasið við göngustíginn. Þeim virðist fara fjölgandi eftir því sem fer að vora.

Open-mindedness

Whiskyblogg I

Jæja, er smám saman byrjaður að prófa single malt whisky tegundir Skotlands fyrir alvöru.
Skotlandi má skipta í nokkra landshluta með tilliti til whisky-framleiðslu en hver landshluti er öðruvísi með tilliti til whiskysins sem þar er framleitt.

Gróflega séð er um að ræða:
Highlands
Lowlands
Speyside
Isle of Islay
Hinar eyjarnar

Ég ákvað að byrja að smakka single malt whisky tegundir Islay og hinna eyjana við vesturströnd Skotlands en ég komst að því loksins að það víský sem er mér að skapi er það sem er virkilega vel reykt en það einkennir einmitt Islay-whisky. Þar á eyjunni þurrka þeir maltaða byggið með því að brenna og þaðan er lyktin og bragðið að mestu komið. Ég held reyndar að reykta lyktin og bragðið sé það, sem fólk sem ekki er hrifið af whiský, þolir ekki við whiský.


Barþjónninn á whiskybarnum á whiskysafninu í Edinborg benti mér á Ardbeg whisky, 10 ára, sem dæmi um mjög vel reykt whiský og enn sem komið er, er það í mestu uppáhaldi hjá mér. Gríðarlega reykt og yfirgnæfir alla lykt, og bragð í byrjun, en smám saman byrjar maður að bera kennsl á annað í vökvanum, jafnvel smá kryddkeim. Hressandi eftirbragð.


Bowmore whisky, 12 ára, er einnig frá Islay og er elsta whiskyframleiðsla Islay og næstelsta í Skotlandi. Minna reykt en Ardbeg en meira af ýmsu öðru bragði. Man hreinlega ekki meir, þar sem það er dálítið langt síðan ég smakkaði. Þarf að prófa aftur, var gott alla vega.

Laphroig, 10 ára, er mjög skemmtilegt whisky. Minna reykt en ótrúlega bragðmikið. Þyrfti að smakka aftur almennilega.

Bunnahabhain, 12 ára, er mjög ótýpískt Islay whisky. Mjög lítið reykt og frekar sætt, bragðgott. Get svarið það að ég fann smá súkkulaðikeim.

Isle of Jura, 10 ára. Hér höfum við yfirgefið Islay eyjuna (og þar með whisky héraðið) og komin á aðra eyju, Jura. Af þessu whisky finnur maður ekkert reykt bragð. Allt í lagi en ekki mitt cup of tea.




Greinar

Við Ingvar, fyrrum leiðbeinandi minn, vorum rétt í þessu að senda inn handrit að tveimur vísindagreinum.
Nú fara greinarnar í mat ritrýnenda og þá er bara að vona það besta.

sérstakt

Mikið rosalega tókst sérstökum saksóknara að koma illa út í viðtali í fréttum RÚV í kvöld. Sjá hér

Ég fagnaði annars degi hins írska heilags Patreks á pöbbnum í gær með nokkrum nýjum og gömlum Pólverjum í gær (ég veit ekki af hverju ég kynnist bara Pólverjum en það er önnur saga), það var bara nokkuð gaman. Pólverjunum fannst annars mjög gaman af því þegar ég sagði þeim að Prins Póló skuli vera vinsælt á Íslandi.

Hlustaði á nokkra grunnnemendur flytja fyrirlestra um sérverkefni sem þeir hafa unnið í tölvuefnafræði á skrifstofunni hjá okkur seinustu mánuði. Erindin voru afskaplega misvond.
Þegar maður er í doktorsnámi og þarf að lesa fjöldann allan af vísindagreinum reglulega til að reyna gera eitthvað af viti, líður manni mjög oft eins og maður sé afskaplega heimskur og viti ekki neitt.
Í dag leið mér eins og ég vissi töluvert. Egó-ið hækkaði umtalsvert. Mennt er máttur.